Masa PPKM (Pemberlakuan Pembatasan Kegiatan Masyarakat) mengharuskan madrasah untuk melakukan kegiatan belajar secara daring. Hal tersebut dipertegas dengan adanya surat edaran dari Kementerian Agama Kabupaten Gresik No. B.190/1590/k.k.13.19.2/PP.00/07/2021 tentang penundaan Pembelajaran Tatap Muka.
Meskipun situasi masih PPKM, MTs Tarbiyatul Wathon tetap melaksanakan kegiatan tes masuk secara virtual pada tanggal 11 - 12 Juli 2022. Ada dua tes yang harus diikuti oleh Calon siswa baru MTs Tarbiyatul Wathon, yaitu, tes praktek mengaji Al Qur'an dan tes Potensi Akademik. Pada pelaksanaan tes mengaji Al Qur'an para siswa wajib membuat video yang berisi tampilan praktek membaca Al Qur'an di rumahnya masing masing dan mengirimnya ke Panitia tes melalui aplikasi Whatsapp. Dalam pelaksanaannya, para peserta tes berusaha untuk menampilkan kemampuan mereka masing masing dalan membaca Al Qur'an. Sebagian besar peserta tes dapat membaca Al Qur'an dengan baik, meskipun beberapa dari mereka tampak masih kurang baik dan benar dalam membaca Al Qur'an. Tentunya hasil tes ini akan memberikan informasi yang berharga kepada madrasah khususnya untuk menindaklanjuti masalah peserta didik yang belum dapat membaca Al Qur'an dengan baik dan benar. Sementara itu, dalam pelaksanaan tes Potensi akademik, para siswa mengerjakan tes dengan mengisi link tes melalui google form. Hasil tes potensi akademik ini digunakan untuk memetakan kemampuan akademik siswa.
Setelah melaksanakan tes, selanjutnya para peserta didik mengikuti kegiatan MATSAMA (Masa Ta'aruf Siswa Madrasah) yang dilaksanakan pada tanggal 13 - 14 Juli 2021. Kegiatan MATSAMA dilaksanakan secara daring menggunakan media zoom meeting dan tampilan video via youtube. Materi yang disajikan diantaranya, wawasan lingkungan madrasah, tata krama dan tata tertib madrasah, pengenalan program kegiatan unggulan madrasah, sosialisasi kegiatan ekstra kurikuler. Para peserta didik tampak antusias dalam mengikuti kegiatan ini meskipun beberapa dari mereka memiliki masalah dengan aplikasi zoom meeting--bagi sebagian dari mereka ini merupakan pengalaman pertamanya mengikuti zoom meeting. Hal ini dapat dilihat dari wajah wajah bersemangat para peserta didik yang terlihat jelas dalam video zoon meeting.