Kerjasama MTs Tarbiyatul Wathon dan Lembaga Amil Zakat  YDSF (Yayasan Dana Sosial Al Falah) kabupaten Gresik sebenarnya sudah terjalin 5 tahun yang lalu, tepatnya tahun 2014. Berawal dari dijadikannya MTs Tarbiyatul Wathon sebagai tempat pelatihan yang didanai YDSF, kemudian MTs Tarbiyatul Wathon direkomendasikan untuk mengajukan kerjasama pendanaan sekolah siswa yang berstatus yatim, atau yatim piatu serta anak-anak Dhuafa. Kerjasama ini merupakan upaya sekolah untuk mencari sumber dana lain guna mendanai siswa siswi yang memang membutuhkan bantuan finansial.

Beberapa pendanaan yang diberikan oleh YDSF untuk para siswa, diantaranya, Beasiswa Yatim, Beasiswa pena bangsa untuk para siswa anak dhuafa dan untuk para janda. YDSF juga pernah memberikan bantuan berupa bahan bangunan untuk reba ruang serta mengajak siswa penerima beasiswa pena bangsa untuk mengikuti outbound bersama anak dari donator YDSF di Pacet, Mei lalu.

Selanjutnya, pada tahun 2019, YDSF menawarkan program kemitraan kepada MTs Tarbiyatul Wathon. Dalam program ini, MTs Tarbiyatul Wathon diharapkan dapat berpartisipasi aktif dalam upaya penghimpunan infaq yang berasal dari para guru maupun siswa. Disamping itu, dalam program kemitraan tersebut juga  disepakati beberapa poin penting kemitraan seperti program penyaluran dana yatim dan dhuafa, sunat massal, program pengadaan alat peraga dan rehab gedung hingga kotak infaq dari donatur serta program kegiatan pelatihan/seminar.

Dengan terjalinnya program kemitraan, diharapkan ada manfaat lebih bagi MTs Tarbiyatul Wathon dan YDSF serta  bagi masyarakat pada umumnya.